Urodził się 22 lutego 1962 w Olsztynie.
Pochodzi z rodziny o tradycjach patriotycznych. W roku 1976 rozpoczął naukę w II LO im. K. I. Gałczyńskiego w Olsztynie. Po egzaminie maturalnym w 1980 r. zaczął studia historyczne na UMK w Toruniu. W roku 1985 uzyskał stopień magistra na podstawie pracy „Sejm walny koronny w 1565 roku w Piotrkowie”, pisanej pod kierunkiem prof. Janusza Małłka. W 1985 r. został zatrudniony w Instytucie Historii i Archiwistyki UMK. Pracę doktorską, pt. „Polityka Rzeczypospolitej wobec Moskwy w latach 1607–1613”, obronił w 1994 r. W 2004 r. uzyskał habilitację na podstawie rozprawy pt. <Czas ludzi niepokornych. Niezależny Samorządny Związek Zawodowy „Solidarność” i inne ugrupowania niezależne w Toruniu i Regionie Toruńskim (13 XII 1981–4 VI 1989)>. Od listopada 2004 r. Wojciech Polak pracował w Instytucie Politologii UMK. Od października 2005 r. był kierownikiem Zakładu Systemów Politycznych w tym Instytucie. W maju 2005 r. został powołany na stanowisko profesora nadzwyczajnego UMK. Dnia 29 lutego 2008 r. otrzymał z rąk Prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego tytuł profesora nauk humanistycznych. Od listopada 2008 r. zatrudniony jest na stanowisku profesora zwyczajnego UMK na Wydziale Politologii i Studiów Międzynarodowych. Obecnie kieruje tam Katedrą Konfliktów Politycznych. Jest także kierownikiem Działu Badań Historycznych Europejskiego Centrum Solidarności w Gdańsku. Napisał wiele prac, w tym 17 książek poświęconych głównie historii „Solidarności” i oporu społecznego przeciwko rządom komunistycznym w Polsce.
W 1980 r. Wojciech Polak wstąpił do Niezależnego Zrzeszenia Studentów Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu. W lutym 1981 r. został członkiem Zarządu Uczelnianego NZS UMK. Działalność podziemną w NZS prowadził także po wprowadzeniu stanu wojennego, wraz z Grzegorzem Górskim kierował wówczas Tymczasowym Zarządem Uczelnianym NZS UMK. Równocześnie przez całe lata osiemdziesiąte współpracował ze strukturami podziemnymi „Solidarności” Regionu Toruńskiego i Regionu Olsztyńskiego (drukowanie gazetek, kolportaż, działalność publicystyczna, itp.). Od 1987 r. wraz z Romanem Bäckerem wydawał podziemne pismo publicystyczne „Chrześcijański Ruch Społeczny”. Wspierał też odradzające się od początku 1988 r. struktury NZS na UMK. Podczas wyborów okrągłostołowych w 1989 r. był przedstawicielem toruńskiego Komitetu Obywatelskiego w Okręgowej Komisji Wyborczej. W 1990 r. został członkiem – założycielem Porozumienia Centrum w Toruniu, następnie pełnił stanowisko członka Zarządu Wojewódzkiego PC w Toruniu i jego rzecznika prasowego. Był delegatem na I Kongres Porozumienia Centrum. W 2010 r. stał na czele Komitetu Wyborczego Jarosława Kaczyńskiego w Toruniu. Obecnie jest członkiem partii Prawo i Sprawiedliwość oraz NSZZ „Solidarność”.
31 sierpnia 2007 r. został odznaczony przez Prezydenta RP Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski za działalność podziemną i niezależną w latach osiemdziesiątych. Jest żonaty, ma dwóch synów. Żona Katarzyna Polak jest konserwatorem zabytków, pracuje na UMK w Instytucie Zabytkoznawstwa i Konserwatorstwa, wykonuje też praktycznie zawód konserwatora.
W następnych latach Wojciech Polak kontynuował badania nad wschodnią polityką Rzeczypospolitej, prowadząc w tym celu kwerendy w archiwach i bibliotekach krajowych i zagranicznych (m. in. Petersburga, Moskwy, Berlina, Wiednia – Stypendium im. Konstantego Jirečka, Rzymu – stypendium Karoliny Lanckorońskiej). Rezultatem tych badań jest ok. 30 artykułów, wydawnictw źródłowych i recenzji opublikowanych w czasopismach i wydawnictwach zbiorowych. Równocześnie prowadził badania nad dziejami Torunia i Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w latach 1980–1981 i w okresie stanu wojennego. Zaowocowały one rozprawą pt. „Najtrudniejsze egzaminy. Niezależne Zrzeszenie Studentów Uniwersytetu Mikołaja Kopernika na tle wydarzeń w kraju i regionie (1980–1982)”, wydaną w Toruniu w 2001 r. Wiosną 2000 r. napisał i złożył do druku 6 podrozdziałów do przygotowywanej we Wrocławiu sześciotomowej „Historii Polski” pod red. prof. dr. hab. Marka Derwicha. Ukazały się one drukiem w 2003 r. W maju 2003 r. opublikował w Wydawnictwie UMK obszerną rozprawę pt. <Czas ludzi niepokornych. Niezależny Samorządny Związek Zawodowy „Solidarność” i inne ugrupowania niezależne w Toruniu i Regionie Toruńskim (13 XII 1981 – 4 VI 1989)>. Stała się ona podstawą jego habilitacji. Kolokwium habilitacyjne odbyło się na Wydziale Nauk Historycznych UMK dnia 6 I 2004 r.
Od listopada 2004 r. Wojciech Polak pracował w Instytucie Politologii UMK. Od października 2005 r. był kierownikiem Zakładu Systemów Politycznych w tym Instytucie. W maju 2005 r. został powołany na stanowisko profesora nadzwyczajnego UMK. 29 lutego 2008 r. otrzymał z rąk Prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego tytuł profesora nauk humanistycznych. Od listopada 2008 r. zatrudniony jest na stanowisku profesora zwyczajnego UMK na Wydziale Politologii i Studiów Międzynarodowych. Obecnie kieruje tam Katedrą Konfliktów Politycznych. W ostatnich latach prowadzi badania dotyczące głównie dziejów PRL. Ich owocem jest kilkadziesiąt artykułów oraz książki pt. „Dni protestu. Wydarzenia 1 i 3 Maja 1982 r. w Toruniu”, Toruń 2004; <Anatomia agenta. Historia tajnego współpracownika Służby Bezpieczeństwa o pseudonimie „Karol” (1978–1983)>, Gdańsk 2005; „Trudne lata przełomu. Szkice z historii najnowszej”, Gdańsk 2006; „Stan wojenny – pierwsze dni”, Gdańsk 2006; „Śmiech na trudne czasy. Humor i satyra niezależna w stanie wojennym i w latach następnych”, Gdańsk 2007. Natomiast jego książka „O dobro wspólne i egzekucję praw. Sejm 1565 r. w Piotrkowie” (Toruń 2004) omawia reformy państwowe przeprowadzone w okresie rządów Zygmunta Augusta.
W latach 1996–1999 Wojciech Polak pełnił funkcję sekretarza i członka Kolegium Redakcyjnego półrocznika historycznego „Czasy Nowożytne”. Do 2009 r. był członkiem Rady Redakcyjnej tego periodyku. W 2006 r. został powołany przez rektora UMK na przewodniczącego zespołu badawczego o nazwie: Komisja Do Badania Ograniczania Autonomii UMK w latach 1968–1990. W 2007 r. został członkiem Międzydiecezjalnej Komisji Historycznej powołanej w celu weryfikacji danych o współpracy duchowieństwa diecezji chełmińskiej z tajnymi służbami PRL. W roku 2007 objął także funkcję redaktora naczelnego wydawnictwa seryjnego pt. „Diecezja chełmińska w czasach komunizmu – 1945–1990”. Od 2010 r. pełni funkcję kierownika Ośrodka Badań Historycznych Europejskiego Centrum Solidarności w Gdańsku. W latach 2000–2005 pracował jako wykładowca historii w Collegium Marianum w Pelplinie. Obecnie prowadzi też wykłady zlecone w Wyższej Szkole Kultury Społecznej i Medialnej w Toruniu. Jest członkiem Polskiego Towarzystwa Historycznego, Polskiego Towarzystwa Nauk Politycznych i Towarzystwa Naukowego w Toruniu. Wojciech Polak wypromował sześciu doktorów z zakresu historii i politologii.
Za działalność naukową i dydaktyczną otrzymał wyróżnienia rektora UMK w roku 1994 i 2002 oraz nagrody rektora UMK II stopnia w 2004 i 2008 r. W roku 1999 został odznaczony odznaką „Zasłużony Działacz Kultury” za działalność w stanie wojennym. W lutym 2005 r. otrzymał nagrodę – Złotą Karetę w dziedzinie nauki i edukacji od redakcji toruńskiego dziennika „Nowości”, głównie za publikacje o stanie wojennym. 31 sierpnia 2007 r. został odznaczony przez Prezydenta RP Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski za działalność podziemną i niezależną w latach osiemdziesiątych. W 2009 r. odebrał medal „Pro Memoria” przyznawany przez kierownika Urzędu do spraw Kombatantów i Osób Represjonowanych. W 2010 r. otrzymał Nagrodę Marszałka Województwa Kujawsko-Pomorskiego za osiągnięcia w pracy naukowej.
Jest żonaty, ma dwóch synów. Żona Katarzyna Polak jest konserwatorem zabytków, pracuje na UMK w Instytucie Zabytkoznawstwa i Konserwatorstwa, wykonuje też praktycznie zawód konserwatora.